Malgré ces dénégations, certains témoins, comme le rapporte Franceinfo, affirment que François Bayrou était informé de la situation. L’ancien juge d’instruction Christian Mirande, qui enquêtait sur trois plaintes pour agressions sexuelles en 1998, se souvient d’une rencontre avec lui : « Il m’a contacté parce qu’il était inquiet, sachant qu’il avait un de ses enfants dans l’établissement ». S’il précise que Bayrou n’a jamais tenté d’influencer l’enquête, il s’étonne aujourd’hui de son silence sur cette affaire.
D’autres témoignages, comme celui de Françoise G., enseignante dans l’établissement, évoquent des signalements faits à l’époque à l’évêché et à la mairie, sans réponse. Elle affirme également que l’épouse de François Bayrou, qui enseignait la catéchèse à Bétharram en 1995-1996, aurait assisté à des scènes de violence sans réagir.
Face à ces accusations, François Bayrou maintient sa ligne de défense et rejette toute responsabilité. Il affirme avoir seulement entendu parler de violences physiques, mais jamais d’abus sexuels, et assure n’avoir jamais couvert qui que ce soit.
Face à ces révélations, la position du Premier ministre devient de plus en plus inconfortable. La question demeure : jusqu’où s’étendait réellement sa connaissance des faits ?